با این حال این مساله از نگرانی‌های عمده تیم مذاکره‌کننده کشورمان در روند مذاکرات بوده است و تلاش دارند به نحوی برای رفع این نگرانی، فرمول و دستور العملی طراحی شود.
طرح ایده‌ها و پیشنهادهای مختلف در این رابطه راه به جایی نبرد تا اینکه در نهایت مقامات و مسئولان هسته‌ای و سیاسی به این نتیجه رسیدند که بهترین تضمین حفظ پویایی و فعال بودن صنعت هسته ای کشور در برابر هرگونه عهد شکنی از سوی طرف های مقابل است؛ همان طور که ضمانت برجام چیزی نبود جز حفظ توان و امکان بازگشت سریع به فعالیت‌های هسته‌ای.
در عین حال هنوز بر سر این مسئله اختلاف نظرهای جدی وجود دارد و تا نهایی شدن این موضوع زمان باقی است.
از دیگر موضوعات مورد بحث در مذاکرات وین، مساله رفع تحریم‌ها و ابعاد آن است. از مهم ترین مسایل مورد بحث در مذاکرات از ابتدا تا کنون موضوع رفع تحریم های یک جانبه آمریکا به ویژه آن بخش از تحریم هایی است که تحت عناوین دیگری به جز هسته‌ای، انجام گرفته است و در عمل رفع تحریم‌ها در چارچوب برجام را بی اثر می کند. علاوه بر این، اقدام آمریکا در تحریم برخی نهادهای حاکمیتی همچون سپاه از دیگر چالشهایی است که مذاکرات را به چالش کشیده است.
موضوع دیگری که محل بحث مذاکره کنندگان ایران و آمریکا و اتحادیه اروپاست و به نظر به یکی از چالش‌ها در این دور تبدیل شده، سوالات و ابهاماتی است که آژانس در رابطه با سه مکان غیرهسته‌ای در ایران دارد.
بر اساس بیانیه مشترک میان ایران و آژانس در تاریخ ۵ مارس ۲۰۲۲، ایران حسن نیت خود را در تعامل با آژانس با ارائه اطلاعات فنی دقیق نشان داد و انتظار این بود که آژانس نیز با رویکردی مستقل، بی طرفانه و حرفه‌ای، اقدامی سازنده و واقع بینانه در جهت عادی سازی موضوعات پادمانی که به اذعان خود آژانس به هیچ وجه نگرانی عدم اشاعه ای نداشته، صورت دهد اما متاسفانه این اتفاق نیفتاد و در میان مذاکرات ایران و آژانس و برخلاف بیانیه مشترک ایران و آژانس برای خاتمه پرونده‌های ادعایی؛ سه کشور اروپایی با وجود دسترسی ایران به دو مکان و ارایه اطلاعات تکمیلی با چراغ سبز آمریکا و اسراییل مسیر تشدید فضا و تصویب قطعنامه علیه ایران را در پیش گرفتند.
قطعنامه پیشنهادی آمریکا و تروئیکای اروپا علیه ایران، ۱۸ خرداد ۱۴۰۱ با وجود مخالفت جدی چین و روسیه در نشست فصلی شورای حکام آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، به تصویب رسید. در این قطعنامه نویسندگان نسبت به ادعاهای ساختگی درباره پیدا شدن مواد هسته‌ای در سه مکان اعلام نشده در ایران ابراز نگرانی کرده و خواستار همکاری کامل ایران با آژانس بین‌المللی هسته‌ای شدند. در این قطعنامه از ایران خواسته شد تا برای «انجام تعهدات قانونی خود بر اساس فوریت عمل کند و بدون تأخیر، پیشنهاد مدیرکل آژانس را برای تعامل بیشتر برای شفاف‌سازی و حل و فصل همه مسائل پادمان باقی‌مانده را بپذیرد.»
متعاقب این اقدام، ایران برخی از همکاری‌ها با آژانس را که فراتر از پادمان بود و تنها بر مبنای حسن نیت و در چارچوب برجام انجام می گرفت از جمله فعالیت دوربین‌های فراپادمانی، دستگاه اندازه گیری بر خط سطح غنا OLEMو فلومتر آژانس را قطع کرد. هم چنین سازمان انرژی اتمی نسبت به نصب سانتریفیوژهای پیشرفته اقدام کرد.
ایران معتقد است، هیچ موضوع پادمانی در خصوص فعالیت‌های هسته‌ای کنونی ایران که همواره نیز در گزارش‌های مختلف تایید شده، وجود ندارد و ادعاهای مطرح شده در خصوص سال‌های ۲۰۰۳ نمیتواند مبنای فشار جدید بر ایران باشد. در حالی که داوطلبانه به تعامل عملی و سازنده خود با آژانس ادامه داده و از نزدیک با آژانس برای رسیدگی به سؤالات مورد بحث همکاری کرده و در دو دهه اخیر آژانس نتوانسته ادعاهای طرف اسرائیلی را اثبات کند اما متأسفانه تعامل مثبت و سازنده ایران با پاسخ مناسب از سوی آژانس مواجه نشد.
مقامات ایران در رابطه با سوالات آژانس در مورد چهار مکان مورد سوال که به گفته مقامات یکی از این مکان‌ها رفع ابهام شده است، معتقدند: سوالات آژانس باید مبتنی بر مبانی، مدارک و دلایل جدی باشد. سوالات مبتنی بر ادعاهای معطوف به جاسوسی و مواردی از این دست به هیچ وجه قابل قبول نبوده و نخواهد بود و فراهم آوردن امکان دسترسی برای آژانس مشروط به آن است که سوالات و ابهامات یک بار و برای همیشه تمام شود.
با تمام این اوصاف و انتشار اخبار ضدونقیض از مذاکرات و البته تحلیل های متفاوت از برجام ، «لارنس نورمن» خبرنگار وال استریت ژورنال در توئیتی نهایی شدن احیای برجام را در گرو توافق در بحث پادمان دانست.
لارنس نورمن در توئیتی نوشت: تفاوت قائل شدن بین نهایی شدن متن و به نتیجه رسیدن توافق بسیار مهم است.
وی افزود: متن همانطور که انریکه مورا، هماهنگ کننده مذاکرات احیای برجام گفت، نزدیک به نهایی شدن است و ممکن است تا چند ساعت آینده نهایی شود، اما نهایی شدن توافق به مسائل پادمانی بستگی دارد.
گفتنی است که معاون دبیر کل اقدام خارجی اتحادیه اروپا روز گذشته درباره روند گفت‌وگوها اظهار داشت: ما در حال حرکت رو به جلو هستیم انتظار دارم که گفت‌وگوها را زود به پایان خواهیم رساند.
همچنین ستفانی لیختن اشتاین، خبرنگار پولتیکو به نقل از یک دیپلمات ارشد اروپایی نوشت: هدف از مذاکرات فعلی در وین نهایی کردن متنی است که جوزپ بورل، مسئول سیاست خارجی اتحادیه اروپا، در ۲۱ جولای برای احیای برجام، ارائه داده است و فرصت برای مذاکرات به پایان رسیده است.
این دیپلمات ارشد اروپایی تصریح کرد، مذاکرات حول چهار تا پنج موضوع فنی انجام می شود.این دیپلمات در ادامه درباره چشم انداز موفقیت این مذاکرات گفت: "من فکر می کنم امکان توافق وجود دارد، اما آسان نخواهد بود."
وی افزود: مشکل خروج سپاه از لیست سازمان های تروریستی حل شده و توافق شده است که در مستقیم آمریکا و ایران در آینده،مورد بحث قرار گیرد. همچنین موضوع اخذ تضمین حل شده است و ایران دیگر خواهان تضمین سیاسی نیست. ما به این نگرانی [ضمانت‌ها] در متن به شیوه‌ای کاملاً اساسی رسیدگی می‌کنیم. ایران از آنچه در متن ضمانت‌ها گنجانده شده خرسند است".
استفانی لیختن اشتاین درباره مساله بازرسی های پادمانی آژانس بین المللی انرژی اتمی ، نوشت، از اظهارات این مقام ارشد اتحادیه اروپا مشخص بود که این موضوع حل نشده است. این دیپلمات ارشد اروپایی گفت که این موضوع "در چارچوب برجام مورد بحث قرار نمی گیرد."
با این حال همان طور که در روند مذاکرات منتج به برجام جامع اقدام مشترک اتفاق افتاد، هیچ تردیدی نیست که حل و فصل اتهامات ساختگی علیه ایران در قالب پی ام دی، فقط با یک تفاهم سیاسی ممکن شد. اکنون هم حل ابهامات و سوالات جزیی و کم اهمیت آژانس درباره چند مکان غیر هسته‌ای در ایران که برخی آنها مورد بازدید و بازرسی آژانس نیز قرار گرفته است، جز با یک تفاهم سیاسی امکان‌پذیر نیست.
به نظر می‌رسد این سه موضوع چالش اصلی پیش روی مذاکره کنندگان در شهر وین است. دو طرف در حال چانه زنی برای رسیدن به نقطه مطلوب در بحث تضمین‌ها و لیست تحریم‌ها هستند اما سخت‌ترین چالش وین رسیدن به یک راه‌حل برای بسته شدن پرونده های ادعایی آژانس خواهد بود.