یک روز پس از تأیید کمیسیون، نمایندگان نیز در جلسه علنی روز یکشنبه (11 اردیبهشت) با کلیات آن موافقت کردند و پس از آن مجلس وارد مرحله بررسی جزئیات این طرح پنج ماده‌ای شد؛ طرحی که به گفته برخی نمایندگان کامل‌کننده طرح شفافیت آرای نمایندگان بود و آنطور که در مقدمه آن آمده، با هدف ارتقای سرمایه اجتماعی در جمهوری اسلامی ایران و تقویت باور عمومی تهیه شده است. پیش از این، تصویب طرح شفافیت آرای نمایندگان، بیشترین دغدغه اعضای مجلس یازدهم بود که پس از بارها رفت‌و‌برگشت به صحن برای رأی‌گیری و بر اساس ایرادات وارده به کلیات آن به تعویق افتاد و سرانجام با ظهور ناگهانی شفافیت قوای سه‌گانه، بایگانی شد.
با قانونی‌شدن این طرح، قوای سه‌گانه و سایر نهادهای مطرح در آن باید آرا و اطلاعات مربوط به حوزه فعالیت دستگاه‌های متبوع خود را به همراه مذاکرات و تصمیمات اتخاذ‌شده در اختیار عموم مردم قرار دهند تا امکان داوری برای مردم درباره این اطلاعات و آرا فراهم شود. این طرح بر خلاف شفافیت آرای نمایندگان که صرفا شفافیت آرا در قوه مقننه را هدف‌گیری کرده بود، از فراگیری قابل‌توجهی برخوردار است؛ به‌طوری که دایره شمول آن از قوای سه‌گانه فراتر می‌رود و مجمع تشخیص مصلحت نظام، شورای‌عالی انقلاب فرهنگی، شورای‌عالی فضای مجازی، تمامی شوراهای عالی را که به‌موجب قانون مصوب مجلس تشکیل شده‌اند و تمام سازمان‌ها، مؤسسات، شرکت‌های دولتی، مؤسسات انتفاعی وابسته به دولت، بانک‌ها و مؤسسات اعتباری دولتی و سازمان صداوسیما و تمام مؤسسات و شرکت‌های تابع یا وابسته به آن‌ها، دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزشی و پژوهشی را نیز دربرمی‌گیرد. از نکات قابل تأمل در مفاد طرح می‌توان به ماده 5 آن اشاره کرد که برای اعمال قید محرمانگی در برخی موارد نیز پیش‌بینی‌هایی به‌عمل آمده است. مطابق این ماده، آیین‌نامه محرمانگی و غیرعــلنی‌بودن جلسه‌ها هرکدام از نهادها و شوراها پس از سه ماه از تصویب این قانون باید تعیین و پس از تصویب شورای امنیت ملی به اطلاع عموم رسانده شود. به گفته روح الله نجابت، سخنگوی کمیسیون امور داخلی کشور و شوراها در مجلس ماده نخست این طرح به دستگاه‌ها و قواهایی که تحت شمول این قانون قرار می‌گیرد، اشاره دارد. در ماده یک این طرح ذکر شده که دستگاه‌ها، نهادها و سازمان و مؤسسات مشمول این قانون چه بخش‌هایی هستند. در ماده دو نیز موضوع اطلاعات و داده‌هایی که باید منتشر شوند، به تفکیک ذکر شده است. در ماده 3 نیز اشاره شده باید در مجموعه‌هایی که به صورت شورایی اداره می‌شوند، از جمله مجلس شورای اسلامی، آرای موافق، مخالف و ممتنع مأخوذه اعضا به تفکیک اسامی، به گونه‌ای که قابلیت خوانش رایانه‌ای داشته باشد، منتشر شود. در ماده ۴ این طرح نیز آمده است که دستگاه‌های مشمول این قانون باید به صورت دوره‌ای گزارش عملکرد خود را در این زمینه اعلام کنند. در ماده ۵ نیز درباره برخورد با مستنکفا8ن و کسانی که از اجرای این قانون سرپیچی کنند، اشاره شده است.
دو فوریت طرح شفافیت قوای سه گانه درحالی تصویب شد که انتقادهای جدی را از سوی مخالفان طرح به همراه داشت. نکته قابل توجه این است که از بین 53 مخالف این طرح، نام افرادی به چشم می‌خورد که خود موافق شفافیت به ویژه شفافیت آرا هستند؛ اما طرح جدید را نوعی کلی گویی می‌دانند که چندان نمی‌تواند به فرآیند شفافیت کمک کند.
روح الله ایزدخواه نماینده مردم تهران در سلسله استوری‌هایی برای دلایل مخالفت خود با این طرح گفته است، طرح شفافیت قوای سه گانه طرحی شتاب زده است که نشان دهنده تخطی هیات رئیسه از تعهدات قانونی خود است. او این طرح را طرحی کلی و مبهم می‌داند که جایگزین طرح شفافیت آرا شده است.
وی معتقد است طرح شفافیت قوای سه گانه موجب بی اثر شدن نهاد مجلس می‌شود چرا که اختیار تعیین اطلاعات قابل انتشار را به رئیس مجلس و رئیس قوه قضائیه داده است و اختیار تعیین محرمانگی اطلاعات را بدون تعیین شاخص دقیقی، به شورای امنیت ملی سپرده است. بدین ترتیب همچنان اطلاعات مهم برای مردم غیر شفاف خواهد ماند.
علی خضریان دیگر نماینده تهران نیز این طرح بی صداقتی با مردم دانسته و تاکید کرده است با گذشت 1.5 سال از تصویب نشدن طرح شفافیت آرا که مطالبه‌ای عمومی بود، طرحی کلی و مبهم در کمتر از یک هفته به مجلس آمده تا از مطالبات به حق مردم فرار شود.
آنطور که مالک شریعتی نیاسر نمایند دیگر شهر تهران با تشریح دلایل خود برای مخالفت با طرح شفافیت قوای سه گانه می‌گوید، این طرح ابهامات و ایرادات زیادی دارد و فرصت 72 ساعته طرح‌های دو فوریتی برای اصلاحات زمان کافی نیست. همچنین در این شرایط امکان دو شوری شدن بررسی طرح وجود ندارد.
شریعتی همچنین تاکید کرده است طبق آیین نامه، دو فوریت برای جلوگیری از وقوع خسارت احتمالی و فوت فرصت است. اگر شفافیت فوری است، طرح شفافیت آرا که 1.5 سال پیش مطرح و گزارش نهایی اش چندماه قبل در دستور کار قرار گرفت، باید مطرح می‌شد.
با این همه رو گذشته هادی طحان نظیف در نشست خبری خود با موضوع نتیجه بررسی «طرح دو فوریتی شفافیت قوای سه‌گانه، دستگاه‌های اجرایی و سایر نهادها» گفت: این طرح، در جلسات شورای نگهبان مورد بررسی قرار گرفت و براساس این بررسی‌ها نسبت به برخی مواد آن اشکالات و ابهاماتی وجود داشت و جهت اصلاح به مجلس شورای اسلامی بازگردانده می‌شود. البته این ایرادات در جهت مشمولین و سازوکار اجرایی آن است نه اصل شفافیت.
وی در تشریح اشکالات طرح گفت: در ماده ۱ که در مورد مشمولین طرح است چند اشکال یا ابهام وجود دارد که یکی از موارد آن در مورد نحوه نگارش ماده و تکرار مشمولین به نام‌های مختلف است. در بند ۲-۱ این ماده نیز اسامی برخی صندوق‌ها دقیق ذکر نشده، مثلا صندوق عشایری نداریم.
سخنگوی شورای نگهبان ادامه داد: در ماده ۲ که در مورد شفافیت دستگاه‌ها صحبت شده نیز ابهاماتی داشتیم. همچنین در ماده ۱ برخی مشمولین دستگاه‌های خصوصی هستند که الزام شرکت‌های خصوصی به شفافیت مغایر قانون اساسی است. در شورای نگهبان خط قرمزمان جایی است که حقوق مردم تضمین نشده باشد.
طحان نظیف بیان کرد: نسبت به انتشار آرای قطعی دادگاه‌های انقلاب که در این طرح شفاف شده است بحثی در شورای نگهبان داشتیم که انتشار بعضی رای‌ها ممکن است منافی عفت باشد و افکار عمومی را جریحه‌دار کند به همین دلیل ایرادی گرفته شد. در مورد ماده ۳ که در مورد شفافیت فرایند تصمیم‌گیری مثل شفافیت آرا و مشروح مذاکرات است حکمی راجع به مجمع تشخیص مصلحت نظام داریم که طبق قانون، مقررات مجمع را باید خود مجمع تعیین کند و از این بابت مغایر با قانون اساسی است. همچنین باید مواردی که جنبه امنیتی دارد نیز در نظر گرفت.
وی در پایان گفت: ما در بحث شفافیت اطلاعات نهادها هم‌اکنون قوانینی داریم که نسبت این مصوبه با قوانین موجود مورد سوال و محل ابهام بود چه بسا که این قوانین حتی متن دقیق‌تری دارند و شمول آن‌ها دقیق‌تر ذکر شده است. علاوه بر این، تذکراتی نیز نسبت به این مصوبه وجود داشت به عنوان مثال عناوین برخی صندوق‌ها باید دقیق‌تر ذکر شود و تذکرات دیگر که به شکل مفصل به مجلس منعکس می‌شود. همچنین حسب اعلام هیات عالی نظارت بر سیاست‌های کلی نظام، این هیات نیز بخش‌هایی از مصوبه را مغایر با سیاست‌های کلی می‌داند که ما ایرادات خود و هیات را به مجلس اعلام می‌کنیم.
در ادامه روح الله نجابت سخنگوی کمیسیون امور داخلی کشور و شوراها با اشاره به ایرادات شورای نگهبان به مصوبه شفافیت قوای سه گانه، گفت: شورای نگهبان به طور معمول مصوبات را از منظر شکلی و محتوایی بررسی نموده و طبیعی است که ایراداتی به برخی مصوبات نمایندگان در مجلس شورای اسلامی داشته باشد، مجلس پس از بررسی ایرادات شورای نگهبان جهت رفع این موارد اقدام می‌کند.
وی ادامه داد: مصوبه مجلس علاوه بر شفافیت آرای نمایندگان و سایر نهادها و دستگاه‌ها، قراردادهای مربوط به معاملات بزرگ، مبالغ تعرفه‌ها و هزینه‌های ارائه خدمات، فرصت‌های سرمایه‌گذاری و همکاری در قالب مشارکت و شرایط استفاده از این فرصت‌ها و ... را شفاف نموده و زمینه‌ای فراهم می‌نماید تا اطلاعات آن به سرعت در اختیار عموم مردم قرار گیرد.
نجابت در پایان تصریح کرد: کمیسیون امور داخلی و صحن مجلس آماده است تا برای داشتن قانونی جامع درباره شفافیت ایرادها و ابهاماتی که شورای نگهبان مطرح کرده است را در اسرع وقت بررسی و آن را به سرعت اصلاح نماید تا ان‌شاءالله قانون شفافیت در آینده نزدیک عملیاتی شود.